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人生就是博-尊龙凯时助力胃癌研究的单细胞与空间组学技术

发布时间:2025-03-12   信息来源:盛晶康

人生就是博-尊龙凯时 发布了一篇关于胃癌进展的研究,题目为《肠道化生的时空基因组分析揭示了胃癌进展中的克隆动态》,该研究于2023年12月在《癌细胞》杂志上发表,影响因子为5.03。本研究利用了单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序(WES)和批量RNA测序等实验平台,并基于定制的胃癌基因面板(包括277个基因,来源于TCGA及其他研究中涉及的突变基因)进行分析。

人生就是博-尊龙凯时助力胃癌研究的单细胞与空间组学技术

样本信息

  • 患者信息:研究包含2980名年龄在50岁及以上的中国患者。
  • 时间跨度:2004年至2015年。
  • 取样区域:涵盖了多个胃的区域,包括幽门、胃体及贲门。

单细胞空间组学的应用

人生就是博-尊龙凯时 的研究首先通过对10名非癌症受试者的单细胞RNA测序(scRNA-seq)鉴定出四类主要细胞群,分别为胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群及基质细胞群。重点对胃和肠的谱系进行了细分注释,确认了两种胃细胞和四种肠细胞。细胞比例分析显示,肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠道化生(IM)严重程度密切相关。研究中发现,SOX9基因在特定细胞类型(如胃LYZ+细胞和肠道干细胞)中的表达水平显著升高。

再者,GeoMx DSP技术被应用于对8例胃癌患者的组织切片进行分析,并结合前述的scRNA-seq数据来确定细胞类型在空间上的分布。根据不同的IM区域,研究将其标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析结果显示,干细胞显性IM区域的氧化磷酸化基因集显著过表达,并在胃癌区域中亦有显著表达。进一步的分层聚类分析显示,干细胞显性IM与癌细胞群共享相似的表达特征,而肠细胞主导的IM则表现出与胃癌的明显异质性,表明在同一患者体内,IM的表现存在显著差异。

研究总结

本研究通过结合单细胞空间数据分析,确定了肠道细胞和胃细胞在肠道化生严重程度方面的关联性,同时揭示了干细胞显性IM与恶性细胞群体之间的相似表达特征。值得注意的是,SOX9在某些特定细胞类型中表现出显著的高表达,进一步推动了我们对胃癌进展机制的理解。